v0.5.0-beta.3

Bug 修复

update.skip 不再把 breaking release 升级卡在半迁移状态。 之前，.trellis/config.yaml 里配了 update.skip 的项目在跨越 breaking release 时行为不一致：rename 会忽略 skip，但 safe-file-delete 和 template-write 会尊重 skip。结果用户升完还是半迁移 —— 老的废弃文件还留在 skip 保护的路径下、新命令（比如 continue.md）根本没落地、每次 update 都在反复 flag 这些文件。现在当本次升级跨越的 manifest 里有 breaking: true + recommendMigrate: true 且用户加了 --migrate，update.skip 会对以下三类操作都 bypass：
1. safe-file-delete 迁移
2. 新文件写入（比如 0.5.0 的 continue.md 命令）
3. 已有文件的模板更新（比如 0.5.0 的 finish-work.md）
用户本地改动仍然有保护 —— 写入时的 per-file “Modified by you” confirm prompt 照常弹。safe-file-delete 的 allowed_hashes hash 检查也仍然是终极兜底（hash 不匹配的文件会被标记为 skip-modified 保留，无论 bypass 是否触发）。非 breaking 的普通 update 照常尊重 update.skip —— 只有 breaking release 才会触发 bypass。 breaking-change 警告区新增一条黄色 ⚠ update.skip BYPASSED 提示，说明哪些 skip 保护下的文件这次会被清理，用户不会被突然删文件吓到。

这个版本没有项目文件迁移 —— 纯 CLI 侧修复。

如果你从 0.4.x 升到 0.5 beta.2 后，update.skip 保护路径下留下了半迁移状态（老命令和新 skill 并存），这个版本能帮你收尾：

trellis update --migrate

你会看到黄色的 ⚠ update.skip BYPASSED 提示，列出这次终于要清理的文件。安装：npm install -g @mindfoldhq/trellis@beta