task.py start 现在会把 task.json 的 status 从 planning 真正切到 in_progress，之前只改了 .current-task 指针，status 字段未修复，导致 cc 的 status line 会一直显示 planning。
Bug Fixes
task.py start 会把 task.json 状态切到 in_progress
原 cmd_start 写入 .current-task 并触发 after_start hook 后即返回，未修改 task.json 的 status 字段。该字段只由 create（写入 planning）和 archive（写入 completed）维护，没有任何路径写入 in_progress。因此进入实际开发的 task 在 list --status in_progress 中不可见，session-start 面包屑也持续显示 Status: PLANNING。
修复后，cmd_start 在写入 .current-task 之后读取 task.json，仅当 status == "planning" 时改写为 in_progress，其他状态保留：
| 当前 status | task.py start 之后 |
|---|---|
planning | in_progress |
in_progress | in_progress（幂等） |
review | review（保留；review 返工重启不应清零状态） |
completed | completed（保留） |
packages/cli/src/templates/trellis/scripts/task.py:cmd_start。
Codex agent 模板回填 Phase 1.3 fallback 段
beta.11 的 init-context-removal 在两个 Codex agent 文件开头新增了 “Required: Load Trellis Context First” 段，指示 sub-agent 跳过{"_example": ...} seed 行，并在 implement.jsonl / check.jsonl 无 curated 条目时回退为读取 prd.md + 通过 get_context.py --mode packages 自行筛选 spec。
该编辑仅写入项目根目录的 dogfood 副本，未同步至 packages/cli/src/templates/codex/agents/。截至 beta.12，通过 trellis init / trellis update 分发的 Codex agent prompt 缺失此段，遇到 seed-only jsonl 时无 fallback 路径，sub-agent 直接阻塞。
本版补齐：
packages/cli/src/templates/codex/agents/trellis-check.tomlpackages/cli/src/templates/codex/agents/trellis-implement.toml
configurators/shared.ts:buildPullBasedPrelude 为 Copilot / Gemini / Qoder 生成的 prelude 完全一致，Codex 行为与其余 pull-based 平台对齐。
Docs
.codex/config.toml 文档化 features.codex_hooks 开关
Trellis 的 Codex 集成依赖 .codex/hooks.json 中声明的 SessionStart 与 UserPromptSubmit hook。Codex 仅在 user-level 的 ~/.codex/config.toml 设置了 [features] codex_hooks = true 时加载这些 hook；项目级 .codex/config.toml 无法启用 features.*。未开启该 flag 时，hooks.json 被静默忽略，Trellis 的上下文注入不执行，表现为 Trellis 未生效。
项目级 .codex/config.toml 现以注释形式指明：用户需在 ~/.codex/config.toml 中添加的 TOML 片段及其位置。同时移除了无关的 shell_environment_policy 段。
Upgrade
已有项目：.current-task 均保持原样。升级后对仍处于 planning 的旧 task 首次执行 task.py start，status 字段自动写入 in_progress。手动修改过 .codex/agents/trellis-*.toml 的用户将在 update 阶段看到两个文件的 hash drift 提示，按交互选项处理。
全新安装：